インボイス経過措置は2026年10月から70%｜SESの負担増の計算表と切替チェックリスト

インボイスの経過措置とは？

インボイスの経過措置とは、インボイスがない仕入れでも消費税の一定割合を控除できる、期間限定のルールのことです。2023年10月1日のインボイス制度の開始にあわせて設けられました。

インボイス制度とは、登録した事業者が出す請求書（インボイス）がないと、仕入れの消費税を原則差し引けない制度のことです。登録した事業者を、適格請求書発行事業者と呼びます。仕入税額控除とは、売上で預かった消費税から、仕入れで払った消費税を差し引いて納める仕組みのことです。

免税事業者とは、売上が少ないなどの理由で消費税を納めなくてよい事業者のことです。免税事業者はインボイスを出せないため、免税事業者への支払いでは、本来は消費税を差し引けません。

経過措置は、この影響を少しずつ大きくするための仕組みです。SESでは、免税事業者のBP（ビジネスパートナー企業）や、個人事業主のフリーランスエンジニアへの支払いが対象になります。

2026年10月から控除割合はどう変わる？

2026年10月1日から、控除できる割合は80%から70%に下がります。令和8年度税制改正で日程が見直され、もとの予定だった「2026年10月から50%」は「70%」に変わりました。

国税庁の案内では、改正前は2029年10月で控除できなくなる予定でした。改正で、段階が1つ増え、期間も2年延びています。

1つの取引先あたり年間1億円の上限

改正後は、経過措置に上限ができました。1つの免税事業者などからの仕入れが、年間（事業年度）で税込1億円を超えた部分には使えません。改正前の上限は10億円でした。

この上限は、2026年10月1日以後に始まる課税期間から適用されます。月額単価100万円のフリーランス1人なら、年間税込1,320万円です。SESの通常の取引で上限に届くことはまれです。

SESでは何月分の稼働から70%になる？

一般的には、2026年10月分の稼働から70%、9月分までは80%です。経過措置の割合は、支払日や請求書の日付ではなく、課税仕入れを行った日で決まるからです。

SESの準委任契約では、1か月の稼働（役務の提供）が終わった日に仕入れを行ったと考えるのが一般的です。月末締めの例で整理すると、次のようになります。

9月分を10月に支払っても、控除割合は80%のままと考えられます。契約の形（月の途中締め、成果物の納品など）によって判断が変わることがあるので、迷うときは税理士に確認しましょう。

月額単価別の自社負担の計算表

自社が負担する金額は、支払った消費税相当額のうち控除できない部分です。消費税率10%で、免税事業者が「単価＋消費税相当額」を請求している場合、10月からの負担増は月額単価の1%です。

計算式は次のとおりです。

1. 消費税相当額＝月額単価（税抜）×10%

2. 控除できる額＝消費税相当額×控除割合

3. 自社の負担＝消費税相当額−控除できる額

たとえば月額単価60万円なら、消費税相当額は60,000円です。80%の期間は48,000円を控除でき、負担は12,000円です。70%の期間は42,000円を控除でき、負担は18,000円になります。

適格請求書発行事業者（登録済み）のBPなら、消費税相当額を全額控除できるので、この負担はありません。

2028年10月以降の負担も見ておく

2028年10月からの50%の期間には、負担は月額単価の5%になります。月額単価60万円なら、負担は月30,000円、年間360,000円です。

免税事業者のフリーランスを5人、平均単価60万円で使っている会社なら、次のように増えます。

粗利への影響の計算例

客先への売値が70万円、免税フリーランスへの支払いが60万円の案件を考えます。見かけの粗利は10万円ですが、70%の期間は消費税の負担18,000円が別にかかります。

実際に残る利益は、100,000円−18,000円＝82,000円です。粗利率で見ると、14.3%から11.7%に下がります。粗利率の計算方法は、SESの粗利率の平均は？利益率の計算式と計算例・上げる方法5つで解説しています。

税込の総額で請求されている場合

免税事業者が消費税を分けずに「総額60万円」で請求している場合は、計算が少し変わります。総額に含まれる消費税相当額を、60万円×10/110＝54,545円として計算するのが一般的です。

この場合、70%の期間に控除できるのは38,181円、負担は16,364円です。どちらの形で請求されているかは、請求書や支払通知書で確認しましょう。自社で支払通知書を作るときの書き方は、業務委託の支払通知書テンプレート｜支払明細書との違いと記載例で解説しています。

負担が増えない会社・増える会社の見分け方

負担が増えるのは、本則課税で消費税を計算していて、免税事業者への支払いがある会社です。簡易課税や2割特例を使っている会社は、仕入れの内容で納める額が変わらないため、影響を受けません。

本則課税とは、売上の消費税から、実際の仕入れの消費税を差し引いて納める計算方法のことです。簡易課税とは、売上の消費税に業種ごとの一定割合をかけて、仕入れの消費税とみなす計算方法のことです。

自社がどの方法で計算しているかは、経理担当や顧問税理士に確認しましょう。

帳簿の書き方も確認する

経過措置を使うには、帳簿に経過措置の適用を受ける仕入れである旨を書く必要があります。10月分からは割合が変わるため、会計ソフトの税区分の設定が70%に切り替わっているかを確認しましょう。

登録済みのフリーランスが免税に戻る可能性にも注意

今は登録済みのフリーランスでも、登録をやめて免税事業者に戻る人が出る可能性があります。個人事業者の2割特例は2026年分で終わるからです。2割特例とは、免税事業者から登録した人が、売上の消費税の2割だけを納めればよい特例のことです。

国税庁の案内では、2割特例は2026年9月30日を含む課税期間までです。個人事業者には、2027年分と2028年分に3割特例（売上の消費税の3割を納める特例）が新しく設けられます。

取引先の登録状況は、国税庁のインボイス制度 適格請求書発行事業者公表サイトで登録番号から確認できます。契約更新のたびに確認する習慣をつけると、負担の見落としを防げます。BP側から見た特例の損得は、インボイス制度で誰が得する？SES企業とBPへの影響と対策で比べています。

10月1日の切替で営業と経理がやる確認リスト

2026年10月1日の切替では、会計ソフトの税区分と、免税BPの一覧をそろえることが最優先です。営業と経理で、次の7点を確認します。

確認の結果、単価を見直す案件が出ることもあります。そのときも、すでに発注した報酬は下げず、次の契約更新の前に協議するのが基本です。

単価を見直すときに押さえる3点

免税事業者であることを理由に一方的に値下げすると、法律で問題になるおそれがあります。公正取引委員会などが連名で出したQ&Aでも、一方的な引下げや取引停止が独占禁止法などで問題になりうると示されています。

1. 発注済みの報酬は変えない：10月分の支払いから負担分を差し引かない（取適法・フリーランス法の減額）

2. 協議を申し込み、相手の意見を聞く：取適法では、協議に応じない一方的な代金決定も禁止されている

3. 合意の内容を書面に残す：協議の日付・内容・決まった単価をメールで確認する

協議を申し込むメール例文は、インボイスで免税事業者に値下げは違反？SESの取引と単価交渉にまとめています。BPから値下げの相談を受けたときはインボイスで免税事業者に値下げは違反？SESの取引と単価交渉を参考にしてください。取適法の対象になるかの判定は、取適法でSESの準委任は対象？適用条件と営業の変更点7つで確認できます。

社内への周知メールの例文

営業チーム全員に、10月からの変更と「言ってはいけないこと」を先に伝えておくと安全です。

件名：【営業部内】10月1日からのインボイス経過措置の変更について

営業部各位

10月1日から、免税事業者のBP・フリーランスへの支払いで控除できる消費税が80%→70%に下がります。
月額60万円の方なら、会社の負担は月12,000円→18,000円です。

・BPに「10月分から消費税分を払えない」「単価を下げます」とは言わないでください
・単価の相談は、契約更新の1か月以上前に、上長と相談のうえ進めます
・担当の免税BPの一覧（案件・単価・更新日）を、10月9日（金）までに共有してください

不明な点は営業責任者までご連絡ください。

チョータツで取引先ごとの条件を管理する

自分で管理する場合は、Excelに取引先ごとの登録状況・単価・更新日をまとめ、更新のたびに見直します。ただ、案件と人材が増えると、どのBPのエンジニアがどの案件に入っているかを追うのが大変になります。

チョータツとは、SES営業の案件・人材の情報を管理・共有できるツールのことです。3,000社以上が使っていて、無料で始められます。

単価の見直しが必要な案件をチームで共有しておけば、更新の相談を出し忘れにくくなります。他社と連携すると、他社の営業中案件・営業中人材もデータベースとして見られるため、提案の選択肢を広げることにも役立ちます。

よくある質問

Q. インボイスの経過措置は2026年10月から50%になるのですか？

いいえ。令和8年度税制改正で見直され、2026年10月から2028年9月までは70%です。50%になるのは2028年10月からです。国税庁の令和8年度税制改正特集で確認できます。

Q. インボイスの経過措置70%の計算方法は？

免税事業者に払った消費税相当額に70%をかけた額を控除できます。月額単価60万円なら、60,000円×70%＝42,000円を控除できます。残りの18,000円が自社の負担です。

Q. 9月分の稼働を10月に支払ったら、70%になりますか？

経過措置の割合は、支払日ではなく課税仕入れを行った日で決まります。9月分の稼働は、一般的に9月中に仕入れを行ったと考えるため80%です。契約の形で判断が変わることがあるので、税理士に確認しましょう。

Q. 経過措置はいつまで使えますか？

2031年9月30日までです。2030年10月から2031年9月までは30%で、2031年10月以降は控除できなくなります（2026年9月時点）。

Q. 免税事業者のフリーランスに、70%になった分だけ値下げをお願いしてよいですか？

次の契約更新の前に、根拠を示して協議することは可能です。ただし、発注済みの報酬を下げたり一方的に値下げを通知したりすると、法律で問題になるおそれがあります。

Q. 簡易課税の会社も、10月から負担が増えますか？

簡易課税は、売上の消費税をもとに納める額を計算します。そのため、免税事業者への支払いがあっても納める額は変わりません。影響を受けるのは本則課税の会社です。

まとめ

• 免税事業者への支払いで控除できる割合は、2026年10月1日から80%→70%に下がる

• その後は2028年10月から50%、2030年10月から30%、2031年10月から控除なし

• 1つの取引先から年間税込1億円を超える仕入れには、超えた部分に経過措置を使えない

• SESでは一般的に、2026年10月分の稼働から70%になる

• 70%の期間の自社負担は月額単価の3%で、80%の期間より単価の1%増える

• 10月1日の切替では、会計ソフトの税区分・免税BPの一覧・帳簿の記載を確認する

• 影響を受けるのは本則課税の会社。簡易課税・2割特例の会社は影響なし

• 単価を見直すなら、発注済みの報酬は下げず、更新前に協議する（例文は免税事業者対応の記事へ）

本記事は一般的な情報の提供を目的としており、個別の法的助言ではありません。具体的な判断は税理士・弁護士などの専門家にご相談ください。

運営：チョータツSES研究所（株式会社DrivenX）｜編集方針｜公開日：2026年9月30日｜更新日：2026年9月30日

参考資料（2026年9月30日確認）

• 国税庁「令和8年度 税制改正特集」（免税事業者等からの仕入れに係る経過措置の7・5・3割控除、改正前の予定、1億円の上限、2割特例の終了時期・3割特例）

• 国税庁「インボイス制度に関する令和８年度税制改正について（リーフレット）」（適用期限の2年延長、1億円上限（改正前10億円）の適用開始時期）

• 国税庁「インボイス制度について」（2031年9月末までの経過措置）

• 国税庁「インボイス制度の理解のために」（令和8年4月版。経過措置の適用を受ける旨の帳簿記載、関係省庁連名Q&Aの案内）

• 国税庁「インボイスQ&A 問115-2（3割特例の適用ができない課税期間）」（3割特例は個人事業者の令和9年・令和10年の課税期間）

• 公正取引委員会ほか関係省庁「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A」（Q7 仕入先が免税事業者の場合に独占禁止法などで問題となる行為）

• 国税庁「インボイス制度 適格請求書発行事業者公表サイト」

• e-Gov法令検索「特定受託事業者に係る取引の適正化等に関する法律」（第5条 特定業務委託事業者の遵守事項）

• 政府広報オンライン「2026年1月から下請法が「取適法」に！委託取引のルールが大きく変わります」