インボイスで免税事業者に値下げは違反？SESの免税BPとの取引3択・取適法の境目と協議メール例文

SESでインボイスと免税事業者が問題になる理由

SESで問題になるのは、免税事業者のBPやフリーランスに払った消費税相当額を、自社が全額は差し引けないからです。差し引けない分は、自社の負担になります。

インボイス制度が始まっても、下請法（取適法）のルールは変わりません。インボイスは「税金の計算」のルール、下請法は「取引のしかた」のルールです。免税事業者との取引で消費税の負担が増えても、発注済みの代金を減らしてよい理由にはなりません。

インボイス制度とは、登録した事業者の請求書（インボイス）がないと、仕入れの消費税を原則差し引けない制度のことです。2023年10月1日に始まりました。登録した事業者を、適格請求書発行事業者と呼びます。

免税事業者とは、売上が少ないなどの理由で、消費税を納めなくてよい事業者のことです。免税事業者はインボイスを出せません。仕入税額控除とは、売上で預かった消費税から、仕入れで払った消費税を差し引いて納める仕組みのことです。

SESでは、BP（ビジネスパートナー企業）やフリーランスに、毎月まとまった額を払います。そのため、1人あたりの負担が見えやすいのです。

影響を受けるのは本則課税の会社だけ

負担が生まれるのは、本則課税で消費税を計算している会社です。本則課税とは、売上の消費税から実際の仕入れの消費税を差し引いて納める方法のことです。

簡易課税とは、業種ごとの一定割合で仕入れの消費税をみなす方法のことです。簡易課税の会社は、仕入先が免税事業者でも納める額は変わりません。自社がどちらかは、経理担当か顧問税理士に確認しましょう。

免税事業者との取引を続けるときの負担額

本則課税の会社が免税事業者に払うと、消費税相当額のうち控除できない分が負担になります。2026年10月1日から2028年9月30日までは、控除できるのは70%です。

経過措置とは、インボイスがない仕入れでも一定割合を控除できる、期間限定のルールのことです。令和8年度税制改正で、割合の日程が見直されました。

※ 税抜の月額単価60万円に、消費税相当額6万円を上乗せして払う場合の計算です。

割合は、役務の提供を受けた時期（SESなら稼働した月）で決まります。なお、この改正で、1つの相手からの仕入れが1年（事業年度）で税込1億円を超えると、超えた部分に経過措置を使えなくなりました。2026年10月1日以後に始まる課税期間からの扱いです。

何月分の稼働から70%になるかは、インボイス経過措置2026年10月の変更｜控除割合の計算例とSESでくわしく解説しています。

3つの選択肢を自社負担額で比べる

選択肢は「そのまま続ける」「協議して単価を見直す」「登録を頼む」の3つです。どれが正解かは、相手の事情と自社の粗利で変わります。

月額単価60万円（税抜）の免税フリーランスと、2026年10月以降も取引する例で比べます。

選択肢1：そのまま続ける

いちばん関係を壊しにくい選択肢です。自社の負担は、70%の期間で月額単価の3%です。

1. 消費税相当額：600,000円×10%＝60,000円

2. 控除できる額：60,000円×70%＝42,000円

3. 自社の負担：60,000円−42,000円＝18,000円

年間では216,000円です。粗利が十分ある案件や、代わりのきかないエンジニアなら、この選択肢が合理的なことも多いです。

選択肢2：協議して単価を見直す

負担を相手と分け合う選択肢です。例では、協議のうえで税抜単価を600,000円→591,000円にしたとします。

1. 支払い：591,000円＋消費税相当額59,100円＝650,100円

2. 控除できる額：59,100円×70%＝41,370円

3. 自社の実質コスト：650,100円−41,370円＝608,730円

4. 自社の負担：608,730円−600,000円＝8,730円

自社の負担はおよそ半分になり、相手の受け取りは月9,900円減ります。この形は、双方が納得して決めることが前提です。自社だけで決めて通知すると、法律で問題になるおそれがあります。

選択肢3：登録を頼む

相手が登録すれば、自社の負担はなくなります。その代わり、相手が消費税を納めることになります。

登録した個人事業主には、2027年分と2028年分に3割特例があります。条件は、2年前（基準期間）の課税売上高が1,000万円以下であることなどです。3割特例とは、売上で預かった消費税の3割を納めればよい特例のことです。月60万円の売上なら、納める額は60,000円×30%＝月18,000円が目安です。

登録するかどうかは、相手の経営判断です。登録をお願いすること自体は問題ありません。ただし、登録しないことを理由に不利な扱いをすると問題になります。

消費税分の値下げが違反になる線引き

値下げが違反になるかどうかは、十分に協議したかと、すでに発注した分に手をつけていないかで分かれます。公正取引委員会・財務省などのQ&Aは、協議して双方が納得した価格なら、下がっても独占禁止法上問題ないとしています。

請求書の上で「消費税相当額の差し引き」がどこから減額になるかは、次の章で請求書の例を使って説明します。

取適法とは、2026年1月1日に下請法が改正されてできた「中小受託取引適正化法」のことです。受注側から価格の協議を求められたのに応じず、一方的に代金を決めることも禁止しています（第5条第2項第4号）。フリーランス法とは、従業員を使わない個人事業主などとの取引のルールを定めた法律のことです。

独占禁止法の優越的地位の濫用とは、取引上強い立場にある会社が、相手に不当な不利益を押し付けることです。取適法やフリーランス法の対象でない取引でも、独占禁止法で問題になることがあります。

自社の取引にどの法律がかかるか

SESの準委任でも、BPへの発注は取適法の対象になりえます。資本金と従業員数で決まるので、取適法でSESの準委任は対象？適用条件と営業の変更点7つで判定しましょう。

SESの発注では、次のように当てはまることが多いです。

プログラム作成や情報処理（運用など）の委託では、資本金で次のように判定します。

• 発注側が1,000万円超3億円以下 → 受注側が1,000万円以下（個人を含む）なら対象

• 発注側が3億円超 → 受注側が3億円以下（個人を含む）なら対象

改正で、従業員数の基準（発注側300人超・受注側300人以下）も加わりました。

両方の法律に違反する行為は、公正取引委員会の考え方で原則フリーランス法が優先して適用されます。自社の取引の判定は、取適法とフリーランス法の違い｜SESで両方かかる取引を表で整理で確認できます。

フリーランスへの発注では、1か月以上の業務委託なら減額・買いたたきなどが禁止されています。具体例はフリーランス法の禁止行為7つ｜SESの減額・買いたたきOK・NG例にまとめています。

SESの請求書で見る｜消費税相当額の差し引きはどこから違反？

違反になるかどうかは、「発注したときにいくらで合意したか」で決まります。税別で合意したのに消費税を払わなければ減額です。税込で合意していれば、税込の金額を払えば減額ではありません。

前提となる取引の例

次の取引で考えます。自社は資本金3,000万円のSES企業、発注先は免税事業者の個人エンジニアです。

• 契約：準委任、2026年10月1日（木）から3か月

• 注文書の金額：月額60万円（税別）

• 精算：月末締め、翌月末払い

BPから届いた2026年10月分の請求書は次のとおりです。

支払い方ごとの判定

この請求書に対して、11月30日（月）の支払いをどうするかで判定が分かれます。

代金の減額とは、発注したときに決めた代金を、受注側に責任がないのに後から減らすことです。取適法の第5条第1項第3号で禁止されています。公正取引委員会などのQ&Aでも、免税事業者であることは減額の理由として認められていません。

減額は、受注側が了承していても違反になる扱いです。「本人がいいと言ったから」は通りません。

「税込60万円」で合意していた場合

最初の注文書が月額60万円（税込）なら、60万円を払えば減額ではありません。合意した金額をそのまま払っているからです。

ただし、ほかの同じようなエンジニアより著しく低い単価なら、次に説明する「買いたたき」の問題が残ります。

税込か税別か書いていなかった場合

いちばん揉めるのが、注文書に「60万円」とだけ書いてあるケースです。受注側は税別と考え、発注側は税込と考えていることがあります。

取適法は発注内容の明示（第4条）を、フリーランス法も取引条件の明示（第3条）を義務にしています。金額があいまいな注文書は、それだけで明示の義務を果たしていないと見られるおそれがあります。毎月66万円を払っていたなど、過去の請求と支払いの実績も合意内容の手がかりになります。

買いたたきとは？協議しても違反になる境目

買いたたきとは、同じような仕事のふつうの対価より著しく低い代金を、不当に決めることです。取適法の第5条第1項第5号で禁止されています。次の契約の単価を決め直すときに問題になります。

Q&Aは、免税事業者が仕入れで払った消費税も払えないほど低い価格を決めると、買いたたきとして問題になるとしています。判断では、次の点が見られます。

1. 同じような仕事のふつうの対価と比べて、著しく低いか

2. 相手が通常必要とする費用を下回っていないか

3. 相手と十分に協議したか

4. 一方的に決めていないか

反対に、双方が納得したうえで、仕入れの消費税の扱いなども考えて価格を決めた場合は、結果として単価が下がっても問題にならないとされています。

2026年1月の改正で、取適法には協議に応じない一方的な代金の決定を禁止するルール（第5条第2項第4号）も加わりました。相手から価格の協議を求められたのに応じず、単価を決めることも違反になります。詳しくは取適法で単価交渉の協議拒否は違反？一方的な代金決定のNG例と対処法で解説しています。

取引停止は違反になるのか

どの会社と取引するかは、基本的に自由です。 免税事業者であることだけを理由に、次の契約を結ばないこと自体が、すぐ違反になるわけではありません。

ただし公取委Q&Aは、次の流れを「独占禁止法上問題となるおそれがある」としています。

1. 取引上強い立場の買い手が

2. 免税事業者に対して、一方的に、消費税額も払えないような著しく低い価格を示し

3. その価格に応じない相手との取引を停止する

つまり、無理な値下げを飲ませるための「取引停止」が問題です。値下げの提案と取引停止をセットにして圧力をかける伝え方は避けましょう。

取引停止で注意したい3つの場面

BP企業との取引をやめるときの進め方と連絡例文は、BPとの取引停止の判断基準と伝え方｜SESの連絡例文と注意点が使えます。

インボイス登録をお願いするのは問題ない

課税事業者（インボイス発行事業者）になるよう要請すること自体は、問題になりません。 公取委Q&Aにもそう書かれています。

問題になるのは、お願いではなく脅しになった場合です。Q&Aは、次のような一方的な通告を問題となるおそれがあるとしています。「課税事業者にならなければ価格を下げる、応じなければ取引を打ち切る」という通告です。独占禁止法と取適法の両方が関係します。

もう1つ見落としやすいのが、相手が登録した後の単価です。登録して消費税を納めるようになった相手と、協議せずに単価を据え置く場合です。Q&Aは、買いたたきなどとして問題になると説明しています。登録をお願いするなら、登録後の単価の話し合いもセットにしましょう。

免税事業者のBPと単価を見直す5ステップ

単価を見直すなら、更新の1か月以上前に、数字を示して協議を申し込むのが基本です。一方的に金額を伝えるのではなく、相手が選べる形で話しましょう。

1. 対象を洗い出す：公表サイトで登録の有無を調べ、免税事業者の案件・単価・更新日を一覧にする

2. 負担額を計算する：70%の期間は、税抜単価×3%が自社の月の負担。2028年10月以降の見込みも出す

3. 協議を申し込む：発注済みの期間の報酬は変えないと明記し、次の契約の条件として相談する

4. 選択肢を示して話す：そのまま続ける、負担を分け合う、登録を検討してもらう、を並べて相手の意見を聞く

5. 合意を書面に残す：協議の日付・出席者・話した内容・決まった単価を、メールや議事メモで残す

登録の有無は、国税庁のインボイス制度 適格請求書発行事業者公表サイトで登録番号から調べられます。BPへの伝え方のコツは、SESの仕入れ単価のBP交渉｜関係を壊さない伝え方と例文5つも参考になります。

協議を申し込むメール例文

次の例文は、契約更新の前に、協議の時間をお願いするためのものです。「下げます」と通知せず、「相談させてください」とお願いするのがポイントです。

件名：2026年12月以降のご契約条件のご相談

株式会社〇〇
△△様

いつもお世話になっております。株式会社□□の××です。

現在のご契約は、2026年11月30日（月）までとなっております。
12月1日（火）からの次回のご契約条件について、
一度ご相談のお時間をいただけないでしょうか。

インボイス制度の経過措置により、2026年10月から
弊社が控除できる消費税の割合が80%から70%に変わりました。
弊社側の負担の試算をお持ちしますので、
貴社のご事情もあわせて伺えれば幸いです。

なお、11月30日（月）までの報酬は、現在の条件から変更いたしません。

候補日（各30分）
・11月10日（火）14:00〜
・11月13日（金）10:00〜
・11月16日（月）16:00〜

ご都合のよい日時をお知らせください。
よろしくお願いいたします。

協議のあとに送る確認メール例文

話し合いで決まった内容は、その日のうちにメールで送り、相手の確認をもらいましょう。

件名：【ご確認】12月以降のご契約条件（11月13日のお打ち合わせ）

株式会社〇〇
△△様

本日はお時間をいただき、ありがとうございました。
お打ち合わせの内容を、以下のとおり整理いたしました。

・日時：2026年11月13日（金）10:00〜10:30
・対象：〇〇様（〇〇案件）
・12月1日（火）からの月額単価：591,000円（税抜）
・精算幅・支払期日：現在の条件から変更なし
・11月30日（月）までの報酬：変更なし

内容に相違がありましたら、ご指摘ください。
あわせて、12月分の注文書をお送りいたします。

やってはいけない伝え方

• 「10月分から、消費税分を差し引いてお支払いします」

• 「登録していただけないなら、次の案件はご紹介できません」

• 「来月から単価を1割下げます。ご了承ください」

• 協議の依頼に返事をしないまま、下げた単価で注文書を出す

業務委託契約の消費税はどう書く？税込・税別の書き方

業務委託契約や注文書では、金額が税込か税別かを必ず書きます。書き方ひとつで、あとから「減額」になるかどうかが変わるからです。

書き方の例

免税事業者と税込で決め直す場合も、変更後の注文書に「税込」とはっきり書きます。精算幅の超過・控除の単価も、税込か税別かをそろえましょう。

インボイス未登録の個人事業主の請求書と支払い

インボイス未登録の個人事業主やBPからの請求書でも、普通に受け取って支払えます。登録番号がないのでインボイスではありませんが、経過措置を使って一部を控除できます。

経過措置を使うには、国税庁の案内に沿って次の2つが必要です。

• 必要な事項が書かれた請求書などを保存する（発行者名、取引の日、内容、金額、宛名など）

• 帳簿に、経過措置の対象の仕入れであることを書く

請求書の代わりに自社で支払通知書を作る場合も、相手が免税事業者ならインボイスにはなりません。

BPの請求書に消費税の計算誤りがあった場合は、差し引いて払わずに、BPに訂正と再発行を依頼します。

源泉徴収とインボイスは別の話

インボイスの登録の有無と、源泉徴収（払う側が所得税を先に差し引く仕組み）の要否は関係ありません。エンジニアの開発の報酬は、原則として源泉徴収は不要です。

デザインや研修講師など、源泉徴収が必要な仕事もあります。扱いは顧問税理士に確認しましょう。

自社が免税事業者で値下げを求められた場合

自社が値下げを求められた側なら、根拠と適用月を確認し、発注済みの分は契約どおり請求します。 小規模なSES企業や一人社長の会社では、値下げを求められる立場になることもあります。

1. 求められた値下げ額と、控除できない実際の額を比べる

2. 適用が「発注済みの月」なら、個別契約どおりの金額を請求すると伝える

3. 次の契約からの単価として、協議の場を求める

4. 登録した場合の単価も質問し、登録するかを比べて決める

一方的に差し引かれた場合は、取適法やフリーランス法の窓口に相談できます。減額を求められたときの全体の対応は、SESの単価を下げたいと言われたら？減額交渉の対応6ステップで整理しています。

チョータツで取引先と案件の情報を管理する

自分で管理する場合は、Excelに取引先ごとの登録状況・単価・更新日を書き、更新のたびに見直します。ただ、案件と人材が増えると、どのBPのエンジニアがどの案件にいつまで入っているかを追うのが大変です。

チョータツとは、SES営業の案件・人材の情報を管理・共有できるツールのことです。3,000社以上が使っていて、無料で始められます。

協議が必要な案件をチームで共有しておけば、更新の1か月前の相談を出し忘れにくくなります。他社と連携すると、他社の営業中案件・営業中人材もデータベースとして見られるので、代わりの提案先を探すときにも役立ちます。

よくある質問

Q. SESで免税事業者のBPと取引を続けてもいいですか？

問題ありません。インボイス制度は取引を禁止するものではなく、自社が控除できる消費税が減るだけです。2026年10月からは、消費税相当額の70%を控除できます。

Q. 免税事業者に消費税分の値下げをお願いするのは、下請法違反ですか？

協議のうえで双方が納得して決めれば、問題ないとされています。ただし、発注済みの報酬からの差し引きは違反になるおそれがあります。協議しない一方的な値下げも、取適法（旧下請法）やフリーランス法で問題になりえます。

Q. BP本人が「消費税分は引いてかまわない」と言ったら大丈夫ですか？

大丈夫ではありません。発注後の減額は、受注側が了承していても違反になる扱いです。見直すなら、次の契約の単価として協議して決めましょう。

Q. 業務委託契約の金額は、税込と税別のどちらで書くべきですか？

どちらでもかまいませんが、必ずどちらかを明記します。書いていないと、あとで減額かどうかの争いになります。内訳（本体＋消費税）を書く方法もわかりやすいです。

Q. 相手がインボイスに登録したら、単価はどうなりますか？

相手が消費税を納めるようになるので、単価の協議が必要です。協議せずに今の単価で据え置くと、買いたたきなどとして問題になるとQ&Aは説明しています。

まとめ

• 免税事業者への値下げは、次の契約の単価を協議して双方納得で決めれば違反ではない。負担が出るのは本則課税の会社だけ

• 発注済みの代金から消費税相当額を差し引くのは減額で違反。本人の了承があってもNG

• 協議しない一方的な値下げ、消費税分も払えない価格、無理な値下げとセットにした取引停止は問題になるおそれがある

• 2026年10月から2028年9月は控除70%。月額60万円なら自社負担は月18,000円

• 選択肢は「そのまま続ける」「協議して単価を見直す」「登録を頼む」の3つ。登録のお願いは問題ないが、登録後の単価も協議する

• 注文書・契約書には金額が税込か税別かを必ず書き、見直すなら更新の1か月以上前に協議を申し込み、合意をメールで残す

• 未登録の請求書でも支払える。請求書の保存と帳簿の記載で経過措置を使う

本記事は一般的な情報の提供を目的としており、個別の法的助言ではありません。具体的な判断は弁護士・社会保険労務士などの専門家にご相談ください。

運営：チョータツSES研究所（株式会社DrivenX）｜編集方針｜公開日：2026年9月30日｜更新日：2026年9月30日

参考資料（2026年9月30日確認）

• 財務省・公正取引委員会・経済産業省・中小企業庁・国土交通省「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A」（Q7 取引対価の引下げ、取引の停止、登録事業者となるような慫慂等、取引条件の見直しで問題となる行為。令和8年1月30日改正。財務省掲載のPDF）

• 国税庁「令和8年度税制改正特集（インボイス制度の見直し）」（経過措置の7・5・3割控除、税込1億円の上限、2割特例・3割特例）

• 国税庁「インボイス制度の概要」

• 国税庁「インボイス制度 適格請求書発行事業者公表サイト」

• e-Gov法令検索「製造委託等に係る中小受託事業者に対する代金の支払の遅延等の防止に関する法律（取適法）」（第2条 定義、第4条 明示、第5条 遵守事項）

• e-Gov法令検索「特定受託事業者に係る取引の適正化等に関する法律（フリーランス法）」（第3条 取引条件の明示、第5条 特定業務委託事業者の遵守事項、第16条 解除等の予告）

• 公正取引委員会「特定受託事業者に係る取引の適正化等に関する法律と独占禁止法及び下請法との適用関係等の考え方」（令和6年5月31日。両法に違反する行為は原則フリーランス法を優先適用）

• 公正取引委員会「委託事業者の禁止行為」（取適法の11項目）

• 政府広報オンライン「2026年1月から下請法が「取適法」に！委託取引のルールが大きく変わります」

• 公正取引委員会「中小受託取引適正化法（取適法）関係」

• e-Gov法令検索「民法」（第651条 委任の解除、第656条 準委任）